O porto de Lisboa integra-se num dos maiores estuários da Europa, que apresenta uma grande e variada riqueza natural, espécies e habitats a preservar. Esta, já por si, é razão suficiente para nos empenharmos em garantir a qualidade e a segurança do tráfego marítimo portuário, pelo que nos posicionámos na vanguarda da utilização de meios tecnológicos de apoio à navegação. Esta aposta permite-nos garantir o respeito pelos ambientes marinho e portuário e pelas comunidades envolventes, potenciando o desenvolvimento sustentável do negócio. 
Pretende-se, de forma cada vez mais eficiente, a prestação de serviços à navegação bem como incrementar o controlo sobre as recolhas de resíduos de navios, as descargas de águas de lastro, a movimentação de mercadorias perigosas e as emissões. 

Prevenir e minimizar incidentes de poluição marinha assume um papel de extrema importância e para tal a APL está equipada com um conjunto de meios e equipamentos que vão desde embarcação de intervenção, embarcações ligeiras auxiliares de vários tipos, barreiras de contenção, recuperadores de disco e de escovas, toalhetes e rolos absorventes, tanques de vários tipos e capacidades para recolha e bombas de superfície e submersíveis com várias capacidades entre outros meios diversos.
A APL encontra-se permanentemente num processo de modernização, adequação e potenciação da capacidade de resposta de primeira intervenção numa situação de emergência.