El puerto está equipado con dos terminales de cruceros – Terminal de Alcântara y Terminal de Santa Apolónia – todas en la orilla Norte del río Tajo, bordeando el centro histórico y cultural de Lisboa, siendo una gran ventaja para los turistas que visitan la ciudad. Los pasajeros pueden acceder a pie al centro de la ciudad a partir de cualquiera de las terminales.

Todas las terminales tienen equipo de Rayos X para pasajeros y equipaje, además de teléfonos públicos, tiendas de artesanía y plazas de aparcamiento para autobuses de pasajeros y taxis.

Los edificios de las terminales de Alcântara y de Rocha Conde de Óbidos se construyeron en los años cuarenta, según un proyecto del arquitecto Pardal Monteiro, y son considerados únicos por su estilo arquitectónico así como por los magníficos paneles del poeta y pintor modernista, Almada Negreiros, los cuales pueden admirar aquellos pasajeros más comprometidos con el arte y la cultura. 

El puerto de Lisboa, tiene, también, el muelle de Jardim do Tabaco, una nueva infraestructura para la recepción de buques de crucero.