La carga fraccionada se trata sobre todo en dos terminales multiusos situadas en la orilla norte del río Tajo - Terminal Multiusos de Beato y Terminal Multiusos de Poço do Bispo – y en la orilla sur en la Terminal de Barreiro.

Las terminales de contenedores también trabajan alguna vez que otra con carga fraccionada.

De entre los productos que pasan por el Puerto de Lisboa destacan el papel en carretes, el aluminio, el hierro, la chatarra y las frutas.