El tráfico de contenedores es particularmente importante para Lisboa, ya que ofrece servicios regulares de cabotaje para Europa, incluyendo un gran número de servicios directos intercontinentales realizados por las principales agencias de navegación. Los armadores portugueses operan en estas líneas, principalmente a través de conexiones con Azores, Madeira y los PALOP (Países Africanos de Lengua Oficial Portuguesa).

La integración del Puerto de Lisboa en el programa internacional “CSI – Container Security Initiative” desde enero de 2006, tuvo como consecuencia la instalación de equipos de inspección no invasiva de contenedores, reforzando la intervención privilegiada que ya ejercía en el comercio con los EE.UU.