Las actividades portuarias se desarrollan en las dos orillas del río. En la orilla Norte está concentrada la circulación de contenedores de carga, Roll-on/Roll-off y la mayor parte de la carga fraccionada. En la orilla Sur están las diversas terminales especializadas en los graneles líquidos y sólidos.

Los muelles deportivos, situados en la orilla Norte del río Tajo – doca de Alcântara, doca de Santo Amaro, doca de Belém y doca de Bom Sucesso – tienen capacidad para más de 11.000 embarcaciones.

El puerto está equipado con tres terminales de cruceros – Terminal de Alcântara, Terminal de Rocha Conde de Óbidos y Terminal de Santa Apolónia – todos en la orilla Norte del río Tajo, bordeando el centro histórico y cultural de Lisboa, siendo una gran ventaja para los turistas que visitan la ciudad.