Las condiciones de navegabilidad y seguridad ofrecidas por el estuario del río Tajo favorecen desde siempre, la presencia humana en el área. Los indicios más antiguos de esa presencia se remontan a la pre-historia.

Los historiadores creen que los fenicios, en el siglo XXII a.C., comprendieron las ventajas de la situación de Lisboa y establecieran un puerto comercial en la orilla norte del río Tajo.

La importancia estratégica de Lisboa no escapó al conocimiento de otras naciones de marineros y exploradores, lo que en el año de 205 a.C., habría motivado la conquista de la ciudad por los romanos y su bautismo como Olisipo, que recibió el epíteto de “Felicitas Lulia”. Con la caída el Imperio Romano, vinieron los Suevos y los Visigodos, que controlaron la ciudad desde el 472 d.C. Los Moros tomaron Lisboa – Asch-Bonnah – en 714 d.C. y desarrollaron el puerto a través de sus actividades comerciales mediterráneas y atlánticas.

En el siglo XI, el proceso de reorganización interna de Europa va por otro rumbo y, con el desarrollo de las cruzadas, el tráfico y el comercio marítimo gozaron de un considerable impulso. D. Afonso Henriques, enterándose de la importancia estratégica de la ciudad de Lisboa en el contexto internacional, dirigió sus movimientos de expansión hacia el sur, para establecer una zona de influencia portuguesa a lo largo de la costa, conseguido el apoyo de las cruzadas para la conquista de la ciudad de Lisboa, fundamental para el dominio del estuario del Tajo, puerto natural de grandes dimensiones que mejoraría muchísimo la importancia del territorio en este contexto europeo. Así, el 28 de junio de 1147, entra en el Tajo una flota de 164 buques transportando un ejército de 13.000 cruzados.

Tras haber tenido un papel fundamental en la conquista de la ciudad a los moros y, posteriormente, en la defensa de la nacionalidad, el puerto está estrechamente conectado a la ciudad que ha nacido y prosperado junto a él.

En el comienzo del siglo XIII, los métodos de navegación evolucionan mucho, con la utilización de la brújula como auxiliar de navegación y con la introducción del timón de codaste, confiriendo mayor estabilidad y manejabilidad a las embarcaciones. Se construyen buques mayores y con mayor capacidad de carga.

Cuando aparecen, en el primer trimestre del siglo XIII, las primeras líneas regulares del Mediterráneo a Inglaterra y norte de Europa, por el Estrecho de Gibraltar, Lisboa es una escala obligatoria para todos los buques en tránsito por la costa portuguesa.

Disfrutando de una situación geográfica envidiable, el puerto de Lisboa se introduce fácilmente en las rutas marítimas internacionales.

Después de su papel fundamental en la defensa de la nacionalidad, a comienzos de la segunda dinastía – cuando 13 galeras y 40 naves castellanas intentaron, sin éxito, cerrar el puerto durante el cerco de 1384 – Lisboa, con su puerto, se afirmó más de una vez como la garantía política y militar de la independencia nacional, después de haber contribuido decisivamente a la formación misma del país.

Establecida la paz, será en el reinado de D. João I que comienza el camino para la apertura de nuevos mundos y nuevos mercados, desde Lisboa, que ya era considerada una gran metrópoli cosmopolita, visitada por embarcaciones de distintos orígenes.

Los marineros que se hicieron a la mar desde Lisboa tuvieron un papel fundamental en la época de los descubrimientos portugueses, los cuales aumentaron las fronteras del mundo conocido e hicieron de Lisboa un puerto clave para el comercio global.

Los navegadores portugueses desafiaron la creencia profundamente enraizada en la Europa de aquella época, de que la tierra era plana y consiguieron contrariar esta teoría, realizando los viajes que unieron los continentes por primera vez. En 1487, Bartolomeu Dias atravesó el Cabo de Boa Esperança. En 1497, Vasco da Gama partió desde Lisboa regresando dos años más tarde, tras haber descubierto el camino marítimo hasta India. Éstos y otros viajes posteriores ayudaron a transformar Lisboa en una ciudad rica y evidenciaron la situación privilegiada de Portugal en el mundo.

En esta época se reforzó la seguridad y la vigilancia de la entrada del estuario del Tajo con la construcción de fortalezas en la orilla izquierda del Tajo, donde se construyeron fortificaciones desde Cabeça Seca (Bugio) hasta Almada.

En los siglos XVI y XVII, el comercio luso-español tuvo un gran desarrollo (dominio español de 1580 hasta 1640). Se realizaron obras de desarenado en el río Tajo y el puerto de Lisboa tuvo una importancia fundamental como puerto de escala. Con la navegación dirigida al Mediterráneo y al Océano Atlántico, desembarcaron en Lisboa los productos de Brasil – maderas, azúcares y oro de Minas Gerais.

Con el terremoto de 1755 se destruirán muchos edificios, como el Palacio de Ribeira, donde habitó D. João II y el piso inferior de la Casa de India. Com la reconstrucción de Lisboa, en el lugar del Terreiro do Paço se construye la Praça do Comércio y toda la reedificación de la ciudad se planea teniendo en cuenta el comercio.

 Con la invención de la máquina de vapor, en el siglo XIX, se crean nuevas necesidades. La modernización del puerto de Lisboa es una gran preocupación y se suceden estudios y proyectos que terminaron con la inauguración el 31 de octubre de 1887 por D. Luís I, de las grandes obras del puerto de Lisboa.