El estuario del río Tajo, con 50km de largo y de entre 2 y 14km de ancho, ofrece al Puerto de Lisboa excelentes condiciones de navegación. El principal canal de acceso al puerto tiene profundidades de -15,5m ZH.

El tráfico fluvial permite el transporte de mercancías entre las dos orillas del estuario así como en una parte importante del propio río Tajo.