Los principales accesos ferroviarios del puerto de Lisboa son la línea de Cascais (parte occidental), que está conectada a la red ferroviaria general del país a través del ramal de Alcântara y que a su vez conecta con la Línea del norte. En la orilla sur del río Tajo, en Barreiro, también existe una línea ferroviaria que accede a la línea del Sur, la línea del Norte (Lisboa-Porto) en la orilla norte del río Tajo y la línea del sur y Sudeste (Barreiro-Faro) en la orilla Sur para acceder al Algarve.

El acceso del Puerto de Lisboa a los demás países de Europa se hace a través de la Línea del Norte, que conecta con la línea del Miño (Porto-Valença) para alcanzar el noroeste de España, con la línea de la Beira Alta (Pampilhosa-Vilar Formoso) para alcanzar el centro y norte de España y el resto de Europa, y con el ramal de Cáceres (Entroncamento-Portalegre-Cáceres) con conexión directa con Extremadura y Madrid.