El estuario del río Tajo, con 50km de largo y de entre 2 y 14km de ancho, ofrece al Puerto de Lisboa excelentes condiciones de navegación. El principal canal de acceso al puerto tiene profundidades de -15,5m ZH.

El tráfico fluvial permite el transporte de mercancías entre las dos orillas del estuario así como en una parte importante del propio río Tajo.

El puerto de Lisboa hace parte de la red carretera-ferroviaria de la región de Lisboa que a su vez se integra en las redes nacional y transeuropea de transportes.

En la orilla norte del río Tajo, el puerto tiene un sistema de transporte interno organizado alrededor de un eje longitudinal principal donde convergen vías propias que comunican los diferentes terminales y otras que establecen la conexión con la red externa. La misma vía longitudinal también está interrumpida por el ramal ferroviario de servicio al puerto. La orilla sur tiene varias vías rápidas que facilitan el acceso de las mercancías a las redes nacional e internacional de transportes.

Los principales accesos ferroviarios del puerto de Lisboa son la Línea del Norte (Lisboa-Porto) en la orilla norte del río Tajo y la Línea del Sur y Sudeste (Barreiro-Faro) en la orilla sur para acceder al Algarve.

El acceso del puerto a los demás países de Europa se hace a través de la Línea del Norte, que conecta con la línea del Miño (Porto-Valença) para alcanzar el noroeste de España, con la línea de la Beira Alta (Pampilhosa-Vilar Formoso) para alcanzar el centro y norte de España y el resto de Europa, y con el ramal de Cáceres (Entroncamento-Portalegre-Cáceres) con conexión directa con Extremadura y Madrid.

A partir del cinturón interno portuario existente en la orilla norte del Tajo, diversas vías rápidas desvían el tráfico de la red urbana: El Eje Norte-Sur, la CRIL, la CREL, la Segunda Circular, la IP7 y la IC32. El puerto de Lisboa también está conectado a los principales itinerarios: la IP1 (acceso al norte y sur del país), la A1 (acceso al norte), la A2 (acceso al sur del país), la A5 (acceso a Cascais) y la A8 (acceso a la parte oeste), que a su vez se conectan con las vías internacionales a través de la A3, la IP4 y la IP5 (acceso por el norte), la A6 (acceso directo a Madrid) y la IC1 (acceso por el sur).

En la orilla sur, las mercancías circulan por las distintas vías rápidas que acercan los terminales a las principales autovías nacionales: La A1 en dirección al norte, la A2 que discurre hacia el sur del país y también la A6 que llega hasta Extremadura.