El Puerto de Lisboa está en uno de los mayores y más ricos estuarios de Europa, en lo que respecta a los valores naturales.
Una gran parte del área bajo jurisdicción portuaria, situada en el curso superior del estuario, está cubierta por diversos estatutos de conservación de la naturaleza resultantes de su nombramiento:
- A nivel nacional, como Área Protegida – Reserva Natural del Estuario del Tajo;
- A nivel comunitario, como lugar de Red Natura 2000, resultante de su interés para la conservación, tanto en la perspectiva de las especies, teniendo en cuenta la elevada existencia de especies listadas en los anexos a la Directiva de las Aves – Lugar de Protección Especial del Estuario del Tajo – como por la existencia de hábitats a preservar en el ámbito de la Directiva Hábitats – Lugar de Importancia Comunitaria – y, también como lugar integrante de la Red de Reservas Biogenéticas del Consejo de Europa;
- A nivel internacional, como lugar integrado en el Listado de Lugares de la Convención de RAMSAR sobre los Lugares Húmedos de Importancia Internacional, especialmente como hábitat de aves acuáticas.
El área de jurisdicción portuaria limita con los territorios de once ayuntamientos, que circundan el estuario del Tajo. Alcochete, Almada, Barreiro, Benavente, Lisboa, Loures, Moita, Montijo, Oeiras, Seixal y Vila Franca de Xira.
Una gran parte del área operacional portuaria de Lisboa está situada en la parte central de la capital.
En este contexto se observan con frecuencia conflictos de interés entre el puerto y las ciudades adyacentes y, de modo general, todas las áreas urbanas que circundan el estuario y la conservación de la naturaleza.
Por esta razón, la Administração do Porto de Lisboa adopta una actitud pro-activa de conciliación de su actividad y de sus proyectos de desarrollo y expansión, con los intereses de las poblaciones vecinas y de la conservación de la naturaleza, actuando a nivel estratégico.
En cuestiones operacionales, APL también garantiza la gestión diaria de los asuntos medioambientales relacionados con los buques y servicios a ellos prestados y con la operación portuaria y actividades complementarias, como por ejemplo, la reparación naval y náutica de recreo.
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