O porto está equipado com dois terminais de cruzeiros – Terminal de Alcântara e Terminal de Santa Apolónia –, todos eles situados na margem Norte do Rio Tejo, ladeando o centro histórico e cultural de Lisboa, o que se revela como vantagem única para os turistas que visitam a cidade. Os passageiros podem aceder, a pé, ao centro da cidade a partir de qualquer um dos terminais.

Todos os terminais estão dotados de equipamento de Raios-X para passageiros e bagagem, dispondo ainda de, telefones públicos, lojas de artesanato, informação turística e áreas de parqueamento para autocarros de passageiros e táxis.

Os edifícios que suportam os terminais de Alcântara e da Rocha Conde de Óbidos foram construídos nos anos quarenta, segundo um projecto do arquitecto Pardal Monteiro, e são considerados únicos, não só pelo seu estilo arquitectónico, mas também pelos maravilhosos painéis do poeta e pintor modernista Almada Negreiros os quais podem ser admirados pelos passageiros mais propensos à arte e à cultura.

O porto de Lisboa dispõe, ainda, do cais do Jardim do Tabaco, uma nova infra-estrutura destinada à recepção de navios de cruzeiro.