O Departamento de Pilotagem desenvolve a actividade de Pilotagem como serviço público, que consiste na assistência técnica aos Comandantes das embarcações nos movimentos de navegação e manobras nas águas sob soberania e jurisdição nacionais, de modo a proporcionar que os mesmos se processem em condições de segurança.
É um serviço exercido por profissionais de pilotagem dos portos e barras, designados por Pilotos, devidamente habilitados e certificados, com experiência na condução e manobra de navios em águas restritas e conhecedores das características físicas locais e das disposições legais e regulamentares aplicáveis.