O Porto de Lisboa dispõe de um Serviço de Hidrografia com diversos objectivos: produção de levantamentos, controlo da manutenção de fundos em áreas portuárias (dragagens), monitorização de erosão costeira ou de enchimentos artificiais (engenharia costeira) e gestão da zona costeira

O Serviço de Hidrografia da APL executa sistematicamente levantamentos hidrográficos dos fundos dos acessos aos terminais, bacias de manobra e no estacionamento dos cais cujos resultados são distribuídos em forma de plantas aos serviços de VTS e aos Pilotos como meio de auxílio da navegação e das manobras necessárias do movimento portuário.

Na zona portuária entre Alcântara e Poço do Bispo são executados levantamentos hidrográficos com periodicidade mensal.

A APL mantêm um protocolo com o Instituto Hidrográfico para que aquele instituto realize duas vezes ao ano o levantamento do canal da barra sul, e uma vez ao ano o levantamento do banco do bugio.

O serviço de hidrografia é também responsável pela identificação das áreas sujeitas a assoreamentos e que necessitam de ser dragadas. Esta informação é transmitida ao serviço de dragagens que pode assim, planear e desencadear as dragagens de manutenção de modo a assegurar a operacionalidade portuária no que diz respeito aos fundos.

A APL tem uma Bóia ondógrafo à entrada do canal da Barra Sul com o objectivo de disponibilizar as condições de ondulação à entrada do Canal, para apoio na decisão dos Pilotos e reforço da segurança da navegação. Os dados são recebidos em tempo real de hora a hora, nos Serviços de Hidrografia, VTS e Pilotagem.

Presentemente está colocado um Acustic Doppler Current Profiler (ADCP) na região do canal da barra para aprofundamento do conhecimento de diversos parâmetros de ondulação e correntes e para calibração/validação dos modelos de propagação da agitação marítima.

São igualmente mantidos, no estuário, três marégrafos, sendo um em colaboração com o Instituto Hidrográfico.

No desempenho e gestão do conjunto de tarefas de hidrografia, dragagens e topografia trabalham presentemente quatro engenheiros geógrafos, três topógrafos dois técnicos auxiliares e uma equipa marítima a operar a lancha hidrográfica.

As equipas topográficas desenvolvem também os trabalhos de topografia terrestre necessários na APL