Por Carta de Lei de 16 de Julho de 1885 foi o Governo autorizado a adjudicar a construção das obras do porto de Lisboa, o projecto a executar era da autoria dos engenheiros portugueses João Matos e Adolfo Loureiro, tendo o rei D. Luís inaugurado, em 31 de Outubro de 1887, o início das primeiras obras entre a Torre de Belém e Santa Apolónia. Até 1907 a exploração do porto esteve confiada ao empreiteiro das obras H. Hersent.
Tal situação modificar-se-ia com a Carta de Lei, dada no Paço a 11 de Março de 1907 por Dom Carlos, Rei de Portugal, a qual sancionou o Decreto das Cortes Gerais de 18 de Fevereiro, tendo sido inaugurado
novo regime administrativo em 8 de Maio desse ano, entregando-se o porto a um Conselho de Administração Autónomo, cujo 1º Presidente do Conselho de Administração foi o Par do Reino José Adolfo de Mello e Sousa, e vogais do mesmo conselho, Fernando Munró dos Anjos, Pedro Gomes da Silva e o Conselheiro Manuel Francisco de Vargas, respectivamente representantes do comércio, das empresas de navegação e das companhias de caminho de ferro.Foi proposto para o cargo de director da exploração do porto o Engenheiro da empresa Hersent, Luís Straus.
1907-1928 - A EPL, Exploração do Porto de Lisboa, começou a fazer face aos seus encargos com receitas próprias, derivadas dos melhoramentos nele feitos para a sua valorização.
Em 1910 o regime monárquico é substituído pelo republicano, este é um período muito conturbado e grandemente afectado pela guerra de 1914-1918, no entanto as primeiras atribuições do porto, previstas nas Bases anexas à Carta de Lei foram alargadas encontrando-se descritas no Regulamento da Exploração Comercial do porto de Lisboa e entre outros trabalhos e aquisições, promoveu-se o acabamento da doca de Alcântara, a compra da ponte giratória e de material de apetrechamento portuário, tanto terrestre como marítimo – a draga de Alcântara de grande capacidade e os potentes rebocadores Cabo Espichel, Cabo Sardão e Cabo Raso – e de construção e reparação navais.
Iniciou-se a construção das docas secas e a reconstrução da muralha norte da doca de Alcântara. Os navios de passageiros não acostavam aos cais e fundeavam ao largo onde desembarcavam e embarcavam os seus passageiros, empregando-se no transporte destes embarcações fluviais que ofereciam grande resistência à mudança, acabando por ser publicado um decreto que tornou obrigatória a acostagem dos navios. Neste período ventilaram-se ideias como a construção dum porto de pesca em Pedrouços e o estabelecimento duma zona franca no porto.
Entretanto, esta administração portuária passa a denominar-se Administração Geral do Porto de Lisboa – AGPL.
Em 4 de Dezembro de 1926 é publicada a Lei dos Portos, o primeiro diploma em que se estabelece uma política nacional portuária, assim, nos termos do art.º 2º al. a), o porto de Lisboa ficou classificado como pertencente à 1ª classe dos portos “que interessam directamente à economia geral do País”.
1928-1946- Este foi um tempo marcado pela Ditadura militar.
Na sequência do desenvolvimento dos serviços do porto de Lisboa e da sua influência crescente em toda a actividade económica do país houve necessidade de remodelar a sua lei orgânica – Decreto-lei nº 24:208, de 23 de Julho de 1934 – mantendo-se o principio da independência dos serviços do porto de qualquer outro serviço, pela íntima e directa colaboração da administração com o Governo. No entanto a autonomia não é completa, quer sob o ponto de vista financeiro quer administrativo, uma vez que continuam a depender de resolução superior a prática dos mais importantes actos de gerência – com efeito, sem prejuízo da continuidade e independência dos serviços, a Administração do porto devia representar o pensamento governativo, conforme resulta do preâmbulo do mesmo diploma legal.
Como órgãos da Administração do porto, a par do conselho de administração e do administrador geral, surgem as novas figuras do director do porto e da junta consultiva.
No porto procura-se desenvolver as obras da 3ª secção, de Santa Apolónia ao Poço do Bispo, o que permitiria o alargamento da estação de caminhos-de-ferro e a instalação de novas indústrias e o desenvolvimento do comércio.
O decreto nº 24.831 de 1934, fez desaparecer o antigo direito de cais e criou em sua substituição a taxa de porto, tornando obrigatória, salvo algumas excepções, a entrada das mercadorias provenientes do estrangeiro e do Ultramar nos entrepostos, sem considerar o seu regime aduaneiro.
Em 1936 faz-se a concessão do estaleiro Naval da AGPL à CUF que substituiu a Sociedade de Construções e Reparações Navais;
Os três grandes armazéns de betão armado sitos em Alcântara-Norte bem como as estações fluviais de Belém e do Terreiro do Paço e os edifícios do posto de policia da delegação aduaneira e do armazém da Comissão Reguladora do Comércio do Bacalhau são deste período, embora concluídos mais tarde.
É entregue à Administração do Porto de Lisboa a margem esquerda do Tejo, ficando com jurisdição sobre todo estuário do Tejo.
São de 1939 e 1940 os diplomas que autorizaram a celebração dos contratos para a construção das estações marítimas de Alcântara e da Rocha do Conde de Óbidos, sendo entregue ao Arquitecto Pardal Monteiro a tarefa de executar o traçado das mesmas. No hall do 2º piso das Gares podem admirar-se os catorze painéis sobre o Tejo, representando lides ribeirinhas e cenas portuárias, executados segundo a técnica da pintura mural a fresco, pelo pintor José de Almada Negreiros.
Neste período o porto de Lisboa afirmava-se como o terminal da Europa, chegavam navios de todo o então denominado mundo colonial português, de todo o tráfego europeu e transatlântico. Como corolário, foram autorizadas obras para o devido apetrechamento do Aeroporto Marítimo de Cabo Ruivo pela AGPL (Dec. 32331 de 19 de Novembro de 1942), ponto de amaragem para os hidroaviões da Pam Am.
1946-1960 - O Decreto-lei nº35.716 de 24 de Junho de 1946, denominado Plano de Melhoramentos do Porto de Lisboa, é a segunda medida de grande importância para este porto no que respeita ao seu progresso, abrangendo:
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Obras marítimas: doca de Pedrouços para o serviço de peixe; conclusão da 1ª secção; complemento da 3ª secção, entre Xabregas e Poço do Bispo; conclusão da doca do Poço do Bispo; doca dos Olivais e regularização da margem até Beirolas; adaptação das docas de Belém e do Bom Sucesso; pontes-cais em Cabo Ruivo e Beirolas; regularização de margem em Paço de Arcos; canalização e saneamento do troço marítimo do rio Jamor; obras de abrigo e regularização de margem no Alfeite; obras na Trafaria.
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Obras e instalações terrestres, como arruamentos e vias-férreas, armazéns e outros edifícios diversos, incluindo a sede dos serviços da Administração Geral e instalações de pessoal;
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Apetrechamento do porto comercial, tanto em equipamento terrestre como marítimo.
A execução do Plano de Melhoramentos trouxe um extraordinário acréscimo de serviços do porto, na sua sequência a lei orgânica viria a ser alterada em 1948, pelo Decreto-Lei nº 36:976, de 20 de Julho e alarga-se a área de jurisdição da AGPL, que passa a estender-se até ao porto de Vila Franca de Xira adiantando-se como razão determinante o facto de um ser prolongamento e complemento natural do outro.
Neste período são instaladas, na doca de Alcântara, a Companhia Colonial de Navegação, a Companhia de Navegação Carregadores Açorianos e a Sociedade Geral de Comércio Indústria e Transportes, bem como as petroleiras, em Cabo Ruivo, da Sacor, da Sonap, da Shell. Na margem sul inicia actividade o complexo industrial da Quimigal e Lavradio, a Siderurgia Nacional, no Seixal.
A Torre de Belém foi integrada no património afecto à Administração-Geral do Porto de Lisboa em 28-09-1950, então símbolo da mesma.
De salientar a constituição heráldica das armas, bandeiras e selo da AGPL, a instituição da denominada “Medalha do Porto de Lisboa” e a criação do ex-libris da mesma.
1960-1987-O transporte marítimo sofreu grandes modificações evoluindo no sentido de uma maior especialização e aumento de dimensões dos navios, reflectindo a liberalização da economia mundial.
Em 1965 o cais de Alcântara é submetido a obras de recuperação e numa extensão de 1100 metros procedeu-se a novo avanço sobre o rio, de 80 metros, assegurando maiores profundidades de águas e aumentando o terrapleno na ordem de nove hectares, mantendo-se a vitalidade de uma zona portuária sempre considerada a mais nobre do porto de Lisboa.
Foi construído em 1965 o estaleiro da Lisnave, na Margueira, e apetrechado para a reparação de grandes navios.
Em Outubro de 1970, entrou em funcionamento o Terminal de Contentores de Santa Apolónia, apetrechado para o desembarque e embarque de contentores, com gruas porta contentores, incrementando-se eficácia e consequentes ganhos.
O Porto de Lisboa inaugurou uma nova e importante etapa acompanhando a evolução do transporte de mercadorias – o desenvolvimento da contentorização. O porto assume a função de ligação crucial entre os meios de transportes marítimos, fluviais e terrestres.
O terminal de contentores de Alcântara, concessionado à Liscont, opera desde 1985 estando vocacionado para operações de transhipment.
A partir dos anos 80 instalaram-se terminais cerealíferos, agro alimentares, oleaginosas, combustíveis e outros, tanto na margem sul como na margem norte. Assiste-se a um assinalável desenvolvimento sustentado na Margem Sul.
O tráfego de cruzeiros sempre mereceu a atenção da APL, sobretudo a partir de meados da década de 80 tendo vindo a aumentar a oferta portuária em instalações e serviços de apoio.
1987-1998- Neste período, pós integração na União Europeia (1986)
impunha-se uma reestruturação profunda do sistema portuário de modo a tornar o porto eficiente e eficaz para fazer face às exigências de competitividade que a integração, por um lado, e a globalização, por outro, impunham à economia portuguesa.
O 1º Plano Estratégico do Porto de Lisboa, datado de 31 de Dezembro de 1989, partindo da avaliação da situação existente, traçou os caminhos para a adaptação do porto aos novos desafios que o mercado único europeu iria colocar a partir de 1993. Assim, foi considerado que o desenvolvimento do Porto de Lisboa deveria abranger os seguintes vectores: terminais de contentores e outros terminais especializados de mercadoria; navegação fluvial; áreas comerciais e industriais; revitalização de frentes ribeirinhas; terminais de cruzeiros; náutica de recreio.
As opções de desenvolvimento passariam pela melhoria das condições de acesso ao porto e como 1ª medida o estabelecimento de novas características geométricas do canal de acesso, bem como a ampliação da capacidade dos terminais de contentores tal como a previsão de grandes fluxos de carga exigia com o mercado mundial em constante crescimento.
Em Dezembro de 1994 foi publicado o Decreto-Lei nº 324/94, que estabelece as bases gerais da concessão à iniciativa privada de cais, terminais, equipamentos e espaços portuários.
A concessão do Terminal de Contentores de Santa Apolónia à Sotagus, foi o ponto de viragem da administração à comercialização do porto “Land lord-port” ou porto proprietário.
O porto de Lisboa dispõe de áreas de grande interesse turístico e de lazer, de realçar os espaços verdes, desde a Torre de Belém ao Cais do Sodré e respectivas zonas pedonais. Foi notável o desenvolvimento que as sucessivas Administrações foram dando à náutica de recreio com as Docas de Alcântara, Santo Amaro, Belém e Bom Sucesso oferecendo óptimas condições de estacionamento quer a nado quer em terra, tanto aos veleiros e como às lanchas.
O Plano de Ordenamento da Zona Ribeirinha – POZOR – apresentado em 29 de Junho de 1994 propunha para a frente ribeirinha compreendida entre Algés e a Matinha uma compatibilização entre as exigências específicas da actividade portuária e as características e usos previstos para as áreas urbanas adjacentes, segundo o considerado no Plano Director Municipal de Lisboa e com o suporte legal do DL nº 309/87, seu estatuto orgânico, que lhe conferia poderes para intervir em funções urbanas.
Neste período assiste-se à aproximação do porto aos cidadãos em geral, bem como um maior relacionamento com o município.
Esta frente marginal identificava-se, justamente, com o “moderno” porto de Lisboa nascido no final do século XIX e em contínuo crescimento e evolução por todo o Século XX.
1998-2007 - Pelo Decreto-Lei nº 336/98 de 3 de Novembro a Administração do Porto de Lisboa passa a sociedade anónima de capitais exclusivamente públicos, passando a denominar-se APL – Administração do Porto de Lisboa, S.A. possibilitando-lhe uma gestão mais dinâmica e flexibilizada com um maior nível de autonomia e conjugando-se actividades de prestação de serviços de natureza empresarial com o seu estatuto de autoridade portuária.
A APL, S.A. entra no novo milénio com a inauguração em 16 de Julho de 2001 de uma estrutura arquitectónica destinada a realizar o controlo de uma vasta área marítima e fluvial, com a valência, entre outras, de controlo de tráfego marítimo (VTS, “Vessel Traffic Service”) o porto de Lisboa passa a estar apetrechado ao nível dos principais portos europeus, ganhando competitividade e sustentabilidade.