As emissões atmosférias do sector dos transportes marítimo foram consideradas para efeitos do inventário nacional das emissões da responsabilidade do Sistema Nacional de Inventário de Emissões por Fontes e Remoção por Sumidouros de Poluentes Atmosféricos..

Todos os portos, incluindo o porto de Lisboa, contribuiram com dados relevantes acerca da movimentação e tipo de navios para efeitos de levantamento e quantificação de tais emissões.

Assim que divulgado o inventário nacional, será possível avaliar a contribuição das emissões atmosféricas de navios no panorama nacional.

Entretanto, a APL,S.A. procura minimizar a poluição atmosférica com origem nos navios, pelo que interdita o funcionamento das incineradoras a bordo durante a entrada, permanência e saída do porto e faz aplicar a Directiva Comunitária 2005/33/EC referente ao uso de combustíveis com teores de enxofre menores que 1,5%.

Para efeitos de aplicação da Directiva, a APL,S.A. determinou, desde Agosto de 2006, efectuar inspecções, por amostragem, a navios que entrem no porto - os quais deverão confirmar a origem e qualidade/características do combustível a bordo - e a exigir. 
a todas as empresas abastecedoras a navios apenas o fornecimento de combustível que esteja de acordo com a directiva.