As águas de lastro dos navios podem levar à contaminação das águas estuarinas por organismos patogénicos ou não autóctones, razão pela qual a APL,S.A. tem a preocupação ambiental de efectuar  recomendações no sentido de prevenir estas situações e que vão para além de exigir o cumprimento da obrigação legal de entrega do questionário de Águas de lastro pelos navios que escalam o porto.

Assim sendo, o lastro não segregado dos navios tanque não pode ser bombeado para as águas do rio Tejo e para todos os navios é recomendado que as operações de lastro/deslastro directo de e para o rio sejam efectuado em alto mar e não ao cais.

Os navios devem, sempre que possível, substituir o lastro por águas oceânicas durante as viagens de e para o porto, desde que as condições de navegação, tempo e mar o permitam.

Desde 1997 que a APL acompanha esta questão, não tendo sido registado ou conhecido qualquer caso de contaminação do estuário por águas de lastro dos navios.