A Administração do Porto de Lisboa, S.A. (APL) procede, sempre que necessário, ao acompanhamento arqueológico sistemático e presencial das empreitadas, por arqueólogos devidamente reconhecidos pelo Instituto Português de Arqueologia (IPA).
O acompanhamento arqueológico que a APL, S.A. executa, insere-se no campo da arqueologia preventiva e tem como objectivo a salvaguarda do património arqueológico.
A Dragagem do Canal de Xabregas foi objecto de acompanhamento arqueológico sub-aquático em todas as fases do processo, desde a dragagem até à deposição dos materiais.