Apesar de não estar dotada de competências para a gestão da qualidade da água no estuário, a Administração do Porto de Lisboa, S.A. (APL) efectua análises à qualidade das águas superficiais, sempre que necessário ou relevante para a sua actividade.
O mais recente trabalho de avaliação da qualidade da água foi efectuado aquando da monitorização dos trabalhos de dragagem efectuados em Xabregas, tendo sido analisados os seguintes parâmetros:
- Temperatura;
- Salinidade;
- Turvação;
- pH;
- SST;
- CBO5;
- CQO;
- Arsénio;
- Mercúrio Total;
- Cádmio Total;
- Chumbo Total;
- Cobre Total;
- Zinco Total;
- Níquel Total;
- Crómio Total;
- PCB;
- PAH;
- HCB;
- Hidrocarbonetos dissolvidos e emulsionados;
- Óleos minerais;
- Carbono Orgânico Total;
- Coliformes fecais;
- Coliformes totais;
- Estreptococos fecais.